Constituer une bibliothèque de séquences ADN de référence pour les papillons de France
Programme
SEQREF
Pilotage scientifique
ISYEB (MNHN)
Cible prioritaire
Macrohétérocères
Coordination
2 bénévoles + salariée
Identifier une espèce à partir d'un fragment d'ADN, retrouver une espèce dans un échantillon de pollen ou dans un piège à ADN environnemental, détecter des espèces cryptiques que la morphologie ne permet pas de distinguer : ces usages, encore récents, deviennent centraux pour le suivi de la biodiversité.
Tous reposent sur une condition préalable : disposer d'une bibliothèque de séquences de référence fiable et complète. C'est l'objet du projet SEQREF, qu'oreina conduit en partenariat avec le Muséum national d'Histoire naturelle.
Trois documents pour découvrir le projet, comprendre votre rôle et participer concrètement.
C'est quoi ? Pourquoi c'est important ? Notre rôle ? Le fascicule pédagogique pour découvrir le projet.
Comment participer au programme barcoding en 7 étapes simples. Idéal pour démarrer.
Tous les détails de votre rôle dans le programme : préparation, conservation, étiquetage, envoi.
Le barcoding moléculaire, ou « code-barres ADN », est une technique scientifique qui permet d'identifier un organisme à partir d'une courte séquence d'ADN, appelée marqueur. Le principe est simple : à chaque espèce correspond, dans son génome, des régions dont la séquence est suffisamment stable au sein de l'espèce et suffisamment différente entre espèces pour servir de signature génétique. Comme un code-barres en supermarché, mais pour les êtres vivants.
Pour les Lépidoptères, le marqueur principal est le gène mitochondrial CO1 (cytochrome oxydase, sous-unité 1). Ce gène est devenu le standard international pour le barcoding animal : il est suffisamment variable pour discriminer la majorité des espèces, et son séquençage est aujourd'hui rapide et économique. Pour certains groupes complexes (espèces d'apparition récente, hybrides, lignées en cours de spéciation), CO1 ne suffit pas et il devient nécessaire d'associer des marqueurs nucléaires complémentaires.
Pour qu'un barcoding soit utile, il faut comparer la séquence obtenue à une base de données de référence dans laquelle figurent des séquences attribuées à des espèces correctement identifiées et géoréférencées. C'est cette base de référence qu'il s'agit de construire et de compléter.
Au-delà de l'identification individuelle, une bibliothèque de séquences de référence robuste ouvre plusieurs usages structurants pour la connaissance et le suivi de la biodiversité.
Elle permet le suivi par ADN environnemental (eDNA), méthode en plein essor qui consiste à détecter la présence d'espèces à partir de traces d'ADN laissées dans le milieu : eau, sol, ou même nectar et pollen pour les pollinisateurs. C'est précisément ce qu'expérimente le réseau thématique CNRS Pollinéco sur les insectes floricoles. Sans bibliothèque de référence complète, ces analyses produisent des résultats partiels ou erronés.
Elle alimente aussi la taxonomie elle-même. La confrontation de spécimens issus de toute l'aire de répartition d'une espèce révèle souvent des lignées phylogénétiques distinctes, parfois associées à des caractéristiques biogéographiques particulières. L'analyse des distances génétiques entre ces lignées peut conduire à la description de nouvelles espèces, ou à la confirmation de séparations longtemps suspectées sur des bases morphologiques.
À l'échelle européenne enfin, des modules génétiques complémentaires sont envisagés pour le dispositif EU-PoMS (European Pollinator Monitoring Scheme), pour lequel oreina est désignée structure de référence pour les Lépidoptères nocturnes. La couverture moléculaire bâtie par SEQREF anticipe ces besoins.
oreina s'est associée dès 2024 à PatriNat pour contribuer à la complétion d'un référentiel de séquences moléculaires pour les Lépidoptères de France métropolitaine. Le projet est piloté scientifiquement par l'Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB, UMR 7205 CNRS/MNHN), et plus précisément par l'équipe de Rodolphe Rougerie, dans le cadre de l'infrastructure internationale BOLD (Barcode of Life Data System).
Le rôle d'oreina dans ce dispositif est double :
Le projet est piloté au sein de l'association par deux bénévoles experts et la coordinatrice scientifique salariée, qui assure la liaison opérationnelle avec le MNHN et l'animation du réseau.
État de la couverture moléculaire des Lépidoptères de France et objectifs à l'horizon 2028.
5 615
espèces de Lépidoptères recensées en France métropolitaine
3 620
espèces classées comme prioritaires pour la collecte
594
taxons d'importance moyenne pour la complétion de la base
17
référents régionaux pour organiser la collecte dans les territoires
1 000
spécimens à transmettre au MNHN par an : c'est l'objectif
~70 %
de couverture cible des espèces françaises à l'horizon 2028
Sources : documents projet SEQREF et bilan d'activité 2024 d'oreina.
Le projet SEQREF s'organise autour de cinq axes complémentaires, qui structurent l'effort collectif d'oreina et de ses partenaires.
Maintien à jour de la liste des espèces prioritaires, en fonction des séquences déjà obtenues, des publications scientifiques nouvelles et des évolutions taxonomiques.
Acquisition progressive de séquences pour les espèces prioritaires, en couvrant l'aire de répartition française pour identifier les éventuelles lignées intra-spécifiques.
Pris en charge par l'équipe ISYEB du MNHN. Marqueur principal CO1, avec marqueurs nucléaires complémentaires pour les espèces complexes.
Coordination des référents régionaux, accompagnement des contributeurs, organisation de webinaires et de sessions de formation, valorisation des contributeurs dans les publications.
Articulation entre SEQREF et les autres référentiels d'oreina, notamment TAXREF (les changements taxonomiques détectés par barcoding alimentent la mise à jour du référentiel).
Toute la chaîne de contribution s'organise sur la plateforme Artemisiae, qui centralise les priorités d'espèces, l'enregistrement des dons de spécimens et le suivi des envois vers le MNHN.
Consultez la liste des espèces recherchées sur Artemisiae, ou l'onglet « Barcoding » sur chaque fiche espèce.
Récoltez des spécimens dans vos collections existantes, ou lors de nouvelles collectes, dans le respect de la réglementation en vigueur.
Enregistrez votre observation et signalez-la comme un don pour le projet barcoding sur Artemisiae. Un numéro d'identification unique vous est attribué.
Étalage classique, détermination certaine (genitalia si nécessaire), étiquetage avec date, lieu et coordonnées géographiques. Envoi groupé au MNHN.
Ressources externes, protocoles et publications associées au projet SEQREF.
L'infrastructure internationale de référence pour le barcoding.
Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (UMR 7205 CNRS, MNHN).
Fascicule pédagogique et protocole détaillé pour les contributeurs.
Bilan d'activité SEQREF 2024 d'oreina.
SEQREF est un projet collectif, ouvert à tous : adhérents et non-adhérents, lépidoptéristes confirmés ou naturalistes motivés. Plus le réseau est large, plus la couverture géographique est complète.
Vous êtes lépidoptériste actif sur le terrain ? Consultez la liste des espèces prioritaires sur Artemisiae, prélevez selon le protocole et transmettez vos spécimens au MNHN. Chaque spécimen compte.
Si vous souhaitez animer la collecte dans votre région, coordonner les contributeurs locaux et faire le lien avec l'équipe nationale, contactez-nous. La formation et l'appui sont assurés par la coordinatrice scientifique.
Le projet SEQREF est ouvert aux partenariats avec les associations naturalistes régionales et les gestionnaires d'espaces naturels. Une contribution territoriale ciblée peut renforcer significativement la couverture sur des secteurs sous-échantillonnés.
Que vous soyez collecteur de terrain, référent régional ou structure partenaire, votre contribution renforce la couverture moléculaire des Lépidoptères de France. Contactez-nous pour démarrer.
SEQREF est l'un des cinq projets scientifiques que conduit oreina pour la connaissance des Lépidoptères de France. Les quatre autres lui sont étroitement articulés.
